Support de Cours : Bio-informatique - BERGHICHE Amine (My University, 2025)
Bio-informatique est la fusion de la biologie, de l'informatique et de la technologie dans une seule discipline de recherche qui analyse et interprète les données biologiques, en utilisant des programmes et des méthodes informatiques, pour créer de nouvelles connaissances biologiques. Les défis de la biologie appliquée, en particulier dans le domaine de la biotechnologie, à l'interface avec l'informatique et les mathématiques appliquées et les méthodes informatiques de programmation et d'exploration de bases de données, vont générer de nouvelles connaissances et apporter des réponses aux attentes des chercheurs dans les domaines fondamentaux et appliqués de la biologie. La bio-informatique permet d'analyser des données informatisées sur des organismes utiles ou pathogènes (microbiens, parasites, végétaux ou animaux) ; de concevoir in silico de nouveaux médicaments et produits chimiques ; d'étudier et de prévoir l'adaptation aux conditions environnementales biotiques et abiotiques (sécheresse, salinité, résistance aux pesticides/antibiotiques, interactions hôte-parasite, etc.) Le présent support pédagogique est spécifiquement conçu pour accompagner les étudiants de deuxième année vétérinaire dans l'acquisition des connaissances fondamentales et appliquées relatives à la Bio-informatique, à la Biologie Moléculaire et à la Génétique. Dans un monde où la médecine vétérinaire, la surveillance épidémiologique et la biotechnologie animale sont intrinsèquement liées à l'analyse du vivant à l'échelle moléculaire, la maîtrise des outils d'analyse des séquences est devenue indispensable. Que ce soit pour comprendre la résistance aux antibiotiques des pathogènes microbiens, pour analyser le génome d'une espèce menacée, ou pour appliquer les principes de la pharmacogénomique aux animaux de rente ou de compagnie, la bio-informatique se positionne comme la discipline pivot de la biologie moderne. Ce document est conçu comme un pont entre la théorie biologique (le flux de l'information génétique, les mutations) et la pratique in silico (l'algorithmique d'alignement, la phylogénie). Il couvre un large éventail de modules, allant des fondements de l'ADN et des protéines, aux technologies d'édition du génome (CRISPR/Cas9), en passant par les méthodes clés d'analyse de données (BLAST, arbres phylogénétiques). Afin d'assurer une assimilation complète des concepts, chaque grande partie est complétée par des exercices d'application avec solutions et des figures thématiques, visant à transformer la compréhension théorique en compétences analytiques concrètes. Un lexique technique et des références ciblées sont également inclus pour encourager l'autonomie et l'approfondissement. Nous encourageons vivement les futurs praticiens à s'approprier ces concepts, car ils sont la clé pour décrypter le langage génétique et pour innover dans les domaines du diagnostic, de la prévention et du traitement des maladies animales.